日本で建てられている木造住宅には一般的に、在来工法と呼ばれる【木造軸組工法】とツーバイフォー（２×４）工法と呼ばれる【枠組壁工法】があります。

在来工法とは日本で古くから用いられている伝統的な建て方です。
メリットは、柱と梁で構成されるため間取りの自由度が高く、窓などの開口部も比較的自由に大きくとることが出来ることです。
また、将来的にもリフォームや増改築などに柔軟に対応出来ます。
デメリットとしては、自由度が高い分、工期が長くなったりコストがかさんでしまうことがあります。

一方ツーバイフォー工法はアメリカから広がった工法で、約２インチ×４インチの木材で作った枠に構造用合板を貼って床・壁・天井の６面を組み立てますが、積み重ねるだけで完成できることから、施工性が安定しており、比較的コストが安くなるといったメリットがあります。
デメリットとしては、間取りに制限が出てきたり、窓などの開口を大きくとれず位置も思うように配置できない場合が多いことです。
将来的にリフォームや増改築にも制限が出てくるため、希望したようには出来ない場合も多くなります。